沙崙車站
可依站內地面指示，經位於2樓站內管制區外的轉乘通廊前往沙崙車站：轉乘沙崙線抵位於臺南市中心的臺鐵臺南車站、或位置在台南市正中央的善化車站等站。
- 臺灣鐵路公司
- 臺南捷運藍線延伸線（規畫中）
規劃中的臺南捷運藍線延伸線，此站為起點站。
- 臺南捷運深綠線（規畫中）
規劃中的臺南捷運深綠線，此站為起點站，基地預定為本站與MITSUI OUTLET PARK 台南之間。
客運轉運站位於高鐵台南站第2出口，設有7座大客車停靠月臺。
| 路線編號 | 營運業者 | 路線名稱 | 備註 | 候車月台 |
|---|---|---|---|---|
| H31 | 漢程客運 | 永華市政中心（府前路）－高鐵台南站 | 1 |
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| 路線編號 | 營運業者 | 路線名稱 | 備註 | 候車月台 |
|---|---|---|---|---|
| 32 | 巨業交通 | 原住民文化會館－高鐵台南站 | 3 | |
| 62 | 興南客運 | 奇美醫院－高鐵台南站 | 2 | |
| 綠16 | 興南客運 | 新化－關廟國中 | 5 | |
| 紅3 | 興南客運 | 臺南轉運站－關廟轉運站 | 4 | |
| 紅14 | 興南客運 | 關廟轉運站－長榮大學 |
|
5 |
| 路線編號 | 營運業者 | 路線名稱 | 備註 | 候車月台 |
|---|---|---|---|---|
| 8042 | 高雄客運 | 實踐大學－高鐵台南站 | 4 |
- 南科免費巡迴巴士
| 路線編號 | 營運業者 | 路線名稱 | 備註 | 候車月台 |
|---|---|---|---|---|
| 南科綠線 （高鐵線） |
科技之星交通 | 南科Park17商場－高鐵台南站[1] | 6 |
- 計程車
排班計程車原來位於第4或第1出口，但是在原處常和一般自小客車相衝突，所以高鐵特地進行車站站區重整。在車站站區道路重整後改在第3出口外的「計程車專屬上車區域」內，除了有駕駛休息區，還有遮光棚。
- 共享機車
- GoShare 於歸仁十路一帶提供自助借還服務 (出口 4 左轉前往)
- 高鐵台南站（20車柱，歸仁大道/歸仁十路(西南側)）
- 沙崙車站（22車柱，歸仁大道/歸仁十二路口(台鐵橋下)）
交通部高速鐵路工程局配合高速鐵路站址開發所辦理的重劃區，包含本車站用地，全區面積共299.72公頃。
- 花魁車地景公園
- 大臺南會展中心
- MITSUI OUTLET PARK 台南
- 萬國通路創意館觀光工廠
- 國立成功大學醫學院附設醫院沙崙院區
- 交通
- 機關
- ↑ 南部科學園區智慧交通便民資訊系統 科技部南部科學工業園區管理局