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院系:生物信息學/計算機基礎

來自維基學院

linux操作與生物信息

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伺服器連接與管理軟件

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MobaXterm:用於Windows的增強型終端,具有X11伺服器、標籤式SSH客戶端、網絡工具等功能。

https://mobaxterm.mobatek.net/

https://www.xshell.com/zh/

Linux綜合學習資源

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Linux知識點思維導圖:https://woaielf.github.io/2017/09/15/linux-core/

Linux Documentation Project Guides:https://tldp.org/guides.html

linux命令和bash編程

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Linux命令大全(手冊):https://www.linuxcool.com/

Unix/Linux Command Cheat Sheet:https://fosswire.com/post/2007/08/unixlinux-command-cheat-sheet/

The Essential Cheat Sheet for Linux Admins:https://www.loggly.com/blog/the-essential-cheat-sheet-for-linux-admins/

linux shell學習資源:https://github.com/huzhifeng/LearnX/blob/master/shell/shell.md

高級Bash腳本編程指南:https://linuxstory.gitbook.io/advanced-bash-scripting-guide-in-chinese/

Bash 新手指南:https://github.com/lizhenghn123/StudyBooks/blob/master/Linux/Bash%20%E6%96%B0%E6%89%8B%E6%8C%87%E5%8D%97%20.pdf

三駕馬車:AWK,grep和sed

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AWK 程序設計語言:https://github.com/wuzhouhui/awk

Sed _ awk 101 Hacks:https://github.com/devops007/Sed-and-Awk-101-Hacks

Linux管理員/運維學習資源

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Linux 設備驅動:https://lwn.net/Kernel/LDD3/

Perl語言在生物信息學的應用

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perl語言書籍

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perl語言在線文檔

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perl在線課程/課件

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R語言在生物信息學的應用

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生信分析相關的R包

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reshape:長短數據轉換

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reshape:http://had.co.nz/reshape/

https://cran.r-project.org/web/packages/reshape2/index.html

ggvis可視化:https://ggvis.rstudio.com/

shiny的UI進階設計:https://unleash-shiny.rinterface.com/

shiny和SQL數據庫:https://bookdown.org/msharkey3434/ShinyDB_Book/

R, plotly, shinyR, plotly和shiny:https://plotly-r.com/

R語言相關書籍/資料

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數據分析殘卷:https://bookdown.org/yufree/datadown/

bookdown:https://bookdown.org/

http://cran.r-project.org/doc/contrib/Short-refcard.pdf

RStudio Cheatsheets:https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/

R函數在線參考文檔:https://rdrr.io/

R語言免費視頻課程

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Bioconductor

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R語言在線資料

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Python語言在生物信息學的應用

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python教學視頻/課件

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python生信相關書籍/教材

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Python官方文檔中文:https://docs.python.org/zh-cn/3/library/2to3.html

python2到3轉換:https://python2to3.com/

Python時間序列

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Python分析時間序列:https://www.youtube.com/playlist?list=PLPoT1dtYIkTV8SiV-1Qxt8Di2x5Cf3cCg

python IDE

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PyCharm:https://www.jetbrains.com/pycharm/

Anaconda:https://www.anaconda.com/products/individual

Miniconda:https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

jupyter Notebook:https://jupyter.org/

python擴展包

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Python Extension Packages for Windows - Christoph Gohlke:https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/

The Python Package Index (PyPI):https://pypi.org/

anaconda擴展包:https://anaconda.org/anaconda/python

清華鏡像源:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/pypi/