院系:生物信息学/计算机基础

linux操作与生物信息

服务器连接与管理软件

MobaXterm：用于Windows的增强型终端，具有X11服务器、标签式SSH客户端、网络工具等功能。

https://mobaxterm.mobatek.net/

https://www.xshell.com/zh/

Linux综合学习资源

Linux知识点思维导图：https://woaielf.github.io/2017/09/15/linux-core/

Linux Documentation Project Guides：https://tldp.org/guides.html

linux命令和bash编程

Linux命令大全(手册)：https://www.linuxcool.com/

Unix/Linux Command Cheat Sheet：https://fosswire.com/post/2007/08/unixlinux-command-cheat-sheet/

The Essential Cheat Sheet for Linux Admins：https://www.loggly.com/blog/the-essential-cheat-sheet-for-linux-admins/

linux shell学习资源：https://github.com/huzhifeng/LearnX/blob/master/shell/shell.md

高级Bash脚本编程指南：https://linuxstory.gitbook.io/advanced-bash-scripting-guide-in-chinese/

Bash 新手指南：https://github.com/lizhenghn123/StudyBooks/blob/master/Linux/Bash%20%E6%96%B0%E6%89%8B%E6%8C%87%E5%8D%97%20.pdf

三驾马车：AWK，grep和sed

AWK 程序设计语言：https://github.com/wuzhouhui/awk

• AWK编程语言：https://archive.org/download/pdfy-MgN0H1joIoDVoIC7/The_AWK_Programming_Language.pdf
• https://github.com/M-Mono/The-AWK-Programming-Language

Sed _ awk 101 Hacks：https://github.com/devops007/Sed-and-Awk-101-Hacks

• https://github.com/anzhihe/learning/blob/master/shell/book/Sed-and-Awk-101-Hacks.pdf
• https://jimmysong.io/linux-practice/books/sed_and_awk_101_hacks_chinese_edition.pdf

Linux管理员/运维学习资源

Linux 设备驱动：https://lwn.net/Kernel/LDD3/

• 英文版pdf
• 中文版pdf

Perl语言在生物信息学的应用

perl语言书籍

• learning perl, 8th edition/perl语言入门
• Intermediate Perl, 2nd Edition
• mastering perl 2nd edition
• modern perl：http://modernperlbooks.com/books/modern_perl_2016/index.html
• Perl One-Liners: 130 programs that get things done 2014
• Perl one-liners cookbook 2021
• Think Perl 6 how to think like a computerscientist 2017

perl语言在线文档

• perl官网资源：https://learn.perl.org/
• perl在线教程-runoob：https://www.runoob.com/perl/perl-tutorial.html

perl在线课程/课件

• Unix & Perl Primer for Biologists：http://korflab.ucdavis.edu/unix_and_Perl/
• 明尼苏达大学2011年perl课程：https://msi.umn.edu/~blynch/tutorial/perl.pdf
• 薛宇生信课程（部分perl程序）：http://xue.biocuckoo.org/course/

R语言在生物信息学的应用

生信分析相关的R包

reshape：长短数据转换

reshape：http://had.co.nz/reshape/

https://cran.r-project.org/web/packages/reshape2/index.html

ggvis可视化：https://ggvis.rstudio.com/

shiny类

shiny的UI进阶设计：https://unleash-shiny.rinterface.com/

shiny和SQL数据库：https://bookdown.org/msharkey3434/ShinyDB_Book/

R, plotly, shinyR, plotly和shiny：https://plotly-r.com/

R语言相关书籍/资料

数据分析残卷：https://bookdown.org/yufree/datadown/

bookdown：https://bookdown.org/

http://cran.r-project.org/doc/contrib/Short-refcard.pdf

RStudio Cheatsheets：https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/

R函数在线参考文档：https://rdrr.io/

• Statistical tools for high-throughput data analysis：http://www.sthda.com/english/

• R语言与统计生物信息学：
  • https://play.google.com/store/books/details/Sunil_K_Mathur_Statistical_Bioinformatics_with_R?id=wbJo7L_8CQQC
  • https://www.elsevier.com/books/statistical-bioinformatics-with-r/mathur/978-0-12-375104-1
• R Bioinformatics Cookbook，使用 R 和 Bioconductor 执行 RNAseq、基因组学、数据可视化和生物信息学分析：https://www.packtpub.com/product/r-bioinformatics-cookbook/9781789950694

R语言免费视频课程

Bioconductor

• Bioconductor课程：http://www.bioconductor.org/help/course-materials/
• 斯坦福的Bioconductor课程：https://web.stanford.edu/class/bios221/about.html
• Biostars的R专题：https://www.biostars.org/t/R/

• R编程：https://www.youtube.com/c/RProgrammingDDS
• 【生信技能树】生信人应该这样学R语言：https://www.bilibili.com/video/av25643438
• 【生信技能树】公共数据库挖掘实例（基于R语言）：https://www.bilibili.com/video/av37568990
• R语言入门生信应用基础课程：https://study.163.com/course/courseMain.htm?courseId=1209044861
• R语言入门数据分析：https://ke.qq.com/course/366588
• 生物信息学入门基础讲座的R部分：https://ke.qq.com/course/270841
• PlottinginRforBiologists：https://marianattestad.com/blog

R语言在线资料

• 生信菜鸟团R主题：http://www.bio-info-trainee.com/tag/r
• Biocondctor中文：http://www.biotrainee.com/forum-148-1.html
• R 的shiny交互网页：http://www.biotrainee.com/forum-149-1.html
• 生信技能树论坛：http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=forumdisplay&fid=39&filter=typeid&typeid=22

Python语言在生物信息学的应用

python教学视频/课件

• python Bioinformatics Project：https://www.youtube.com/playlist?list=PLtqF5YXg7GLlQJUv9XJ3RWdd5VYGwBHrP
  • https://data-professor.medium.com/
  • https://github.com/dataprofessor/
• Python for Bioinformatics - Drug Discovery Using Machine Learning and Data Analysis：https://www.youtube.com/watch?v=jBlTQjcKuaY
• 莫烦Python：https://mofanpy.com/
  • https://www.youtube.com/c/%E5%91%A8%E8%8E%AB%E7%83%A6
• Tiny Python Projects：https://www.youtube.com/user/kyclark/
• Python Dash（plotly，Cytoscape）：https://www.youtube.com/c/CharmingData/

python生信相关书籍/教材

Python官方文档中文：https://docs.python.org/zh-cn/3/library/2to3.html

python2到3转换：https://python2to3.com/

• pandas学习书籍：https://pandas.pydata.org/
• python与生物信息：https://yangming6863.gitbook.io/python-bioinformatics/

Python时间序列

Python分析时间序列：https://www.youtube.com/playlist?list=PLPoT1dtYIkTV8SiV-1Qxt8Di2x5Cf3cCg

python IDE

PyCharm：https://www.jetbrains.com/pycharm/

Anaconda：https://www.anaconda.com/products/individual

Miniconda：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

jupyter Notebook：https://jupyter.org/

• https://jupyter.org/try

python扩展包

Python Extension Packages for Windows - Christoph Gohlke：https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/

The Python Package Index (PyPI)：https://pypi.org/

anaconda扩展包：https://anaconda.org/anaconda/python

清华镜像源：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/pypi/