推拉式自強號
- 1996年中秋節，推拉式自強號正式投入自強號營運，並於11月1日起行駛定期列車，取代EMU100型電聯車行駛1019次、1020次。
- 1997年2月27日，北上2次、20次、10次及南下15次、1次、7次莒光號停駛，改行駛北上1000次、1104次、1106次及南下1003次、1109次、1111次自強號。
- 1997年5月15日，北上14次、8次及南下13次、25次莒光號停駛，改行駛北上1114次、1108次及南下1113次、1125次自強號（1108次、1125次為EMU200型），此時每天行駛8往返。
- 1998年3月24日，西部幹線自強號班次進行車次重新整編，每天行駛班次增為13往返，逢週五六日則再增加1往返為14往返。
- 1998年10月16日，12次、23次莒光號停駛，改行駛1004次、1029次自強號，1004次為田中首度停靠北高自強號班次。
- 2000年臺灣實施隔週休2日，於週休2日之星期五及星期日增開班次。星期五增開1133次、1134次，星期日增開1125次、1126次。其中1126次高雄－臺北間停靠臺南、嘉義、彰化、臺中、板橋，行車時間為4小時25分，1133次與1134次為首度停靠樹林的北高自強號班次。
- 2000年5月3日，宜蘭線八堵－羅東間電氣化通車改點，有關本型車的部分如下：
- 本型車於宜蘭線行駛2往返。1016次、1019次延長為羅東到開，增開樹林－羅東間2036次、2041次，並停駛柴聯車1081次（由2041次取代）、1084次（由1019次延長行駛取代）。1016次、2036次時間帶則接近數年前停駛的1089次、1092次。
- 本型車的牽引種別原與電車組相同均為EMU速，在本次改點裡，時刻表首次出現「PP速」，PP速最高時速為130公里行駛。
- 1009次、1020次、1021次、1040次4班次以PP速運行，再度將臺北－高雄行車時間壓縮在4小時以內，最快的1021次臺北－高雄間停靠板橋、臺中、臺南，行車時間為3小時49分。
- 2000年12月1日，1005次、1026次由本型車改為EMU100型行駛，1007次、1028次改為本型車行駛，EMU100型自此不再每天行駛北高班次。同時因應臺中機務分段裁撤，其業務移回彰化機務段，1000次、1047次由臺中到開改為彰化到開。
- 2001年臺灣實施週休2日，自1月5日增開西部幹線週末班次。北上為1104次（週六日行駛）、1126次（週日行駛）、1134次（週五行駛），南下為1109次（週六日行駛）、1125次（週日行駛）、1133次（週五行駛）。
- 2001年春節期間，開行1152次、1153次午夜紅眼自強號，並提供票價7折優惠，臺北－高雄間停靠板橋、桃園、中壢、臺中、彰化、嘉義、臺南，1152次多停新竹。並於假期尾聲再增開1154次與1155次，時刻分別比照1152次與1153次延後30分鐘。
- 2001年4月25日，本次改點有關本型車的部分如下：
- 午夜紅眼自強號1152次、1153次固定週六及週一行駛，停靠站相較於春節大幅增加，臺北－高雄間停靠板橋、桃園、中壢、新竹、苗栗、豐原、臺中、彰化、員林、斗六、嘉義、新營、臺南。
- 2000年5月3日提升為PP速的班次（1009次、1020次、1021次、1040次）排點放鬆，1009次與1021次同時增停彰化。
- 新增1010次、1013次、1032次、1035次等班次提升為PP速，行車時間節省8～12分。
- 宜蘭線樹林－蘇澳間柴聯車班次停駛3往返（1083次、1086次、1087次、1090次、1091次、1094次），改以台鐵EMU300型電聯車或本型車行駛由羅東到開，羅東－蘇澳間以45DR1000型冷氣柴客接駁。
- 2001年6月15日，樹林（臺北）－羅東間EMU300型及本型車班次進行車次重新整編，依據時刻重編為203X～204X次。
- 2001年12月15日，午夜紅眼自強號1152次、1153次增停樹林、竹南、田中、斗南、善化、岡山等6站。
- 2002年3月11日，新增1000次提升為PP速。同年由唐榮鐵工廠製造的增備客車加入營運，包括13輛40PPT2000型及32輛40PPD2500型，共45輛。
- 2002年7月30日，增開西部幹線週末班次。北上為1154次（週六行駛）、1156次（週日行駛），南下為1149次（週五行駛）、1155次（週日行駛）。臺北－高雄間停靠站均為板橋、新竹、臺中、彰化、嘉義、臺南。且因應於彰化放置備用編組需要，逢週一增開1151次至彰化擔任備用編組，逢週五增開1150次返回松山。
- 2003年7月5日，北迴線及宜蘭線羅東－蘇澳間電氣化通車改點，首度行駛至花蓮。
- 2003年8月22日，增開東部幹線東部幹線週末班次，臺北－花蓮間停靠站均為松山、宜蘭、羅東。上行為1076次（週六行駛）、1078次（週日行駛），下行為1075次（週日行駛）、1077次（週五行駛）。而1149次、1154次、1155次與1156次改由EMU100型行駛。
- 2004年2月17日，午夜紅眼自強號1152次、1153次停駛，改為不定期列車。
- 2004年5月21日，1005次、1026次由EMU100型改回本型車行駛，並改為每天行駛及重新指定停靠站，臺北－高雄間停靠臺中、彰化、臺南，行車時間為3小時59分。
- 2005年2月16日，北迴線蘇澳新－南澳間雙線化通車後首次改點，由本型車行駛的班次除少數班次外，均有縮短羅東－花蓮間行車時間。
- 2005年8月3日，因本型車故障異常頻仍，為加強維修作業進行下列改點：
- 7月最後一個週末停駛1104次、1109次、1125次、1126次、1133次、1134次等週末加班車。
- 停駛1020次、1026次、1029次、1043次共4班次，為降低減班造成的影響，每列車增加1節車廂為13輛編組，至2009年中恢復為12輛。
- 所有本型車行駛的班次牽引種別均為PP速，不再有部分班次為PP速，部分班次為EMU速的情形。
- 2006年3月15日，因2005年8月3日改點列車準點狀況不佳，故於本次改點放鬆排點。同時由於EMU100型於春節期間發生故障，故本次改點停駛1154次、1155次，保留1149次、1156次改回本型車行駛。
- 2007年5月8日，太魯閣號加入營運，有關本型車的改點主要如下：
- 太魯閣號取代原由本型車行駛的1063次、1066次、1073次、1074次、2035次。
- 1072次停駛，1085次與1088次改為EMU100型行駛。
- 1017次改由本型車行駛並延長行駛至高雄，改善多年來1013次與1019次之間約2小時無北高自強號班次情形。
- 2005年8月3日停駛的1020次恢復行駛，因當時1020次與1026次停駛而經常客滿的1022次獲得紓解。但由於同時停駛彰化－七堵間1018次，故停靠站與當年停駛前多了豐原、苗栗、竹南共3站。
- 增開花蓮－彰化間2040次和彰化－七堵間1042次，2040次板橋直達臺中，1042次臺中－臺北間停靠豐原、新竹、桃園、板橋。之後2040次旋即在同年6月25日增停雙溪、桃園、中壢、新竹、苗栗、豐原。
- 2008年12月26日，為提升東部幹線服務品質，增開東部幹線週末班次，分別為樹林－花蓮間2002次（週六行駛）、2003次（週五、六、日行駛）、2006次（週五、六、日行駛）、2008次（週日行駛）、2009次（週五行駛）及高雄－花蓮間1154次（週日行駛），同時停駛1021次、1156次（EMU1200型電聯車，同時1044次由本型車改為EMU1200型行駛）及1158次等西部幹線班次。
- 2009年6月16日，推出平日優惠及週末半直達班次如下：
- 七堵－彰化間逢週一至五行駛1009次、1026次，七堵－板橋間各站往返豐原－彰化間各站單程299元優惠，沿途停靠汐止、松山、臺北、板橋、新竹、豐原、臺中（後增停新烏日），已於2010年12月22日取消。
- 開行1152次（週日行駛）、1154次（週五行駛）、1023次（週日行駛）、1149次（週五行駛），臺北－高雄間停靠板橋、臺中、彰化、嘉義、臺南，於6月16～30日期間推出北高票價599元優惠。
- 2011年9月28日，臺鐵各級列車車次全面重新整編，自強號定期列車車次由四位數改為三位數，西部幹線為1XX次、東部幹線為2XX次、南迴線（包括跨臺東線的班次）為3XX次。西部幹線跨東部幹線為17X次、18X次（於西部幹線里程比較長時）或27X次、28X次（於東部幹線里程比較長時），南迴線跨西部幹線（只行駛至臺南的班次除外）為37X次。不定期列車仍為四位數，千位數固定為5，後三位數依上述規定辦理。
- 2014年7月16日，臺東線及南迴線臺東－知本間電氣化通車改點，行駛範圍增加花蓮－知本間，同時新增4XX車次作為臺東（或知本）到開的東部幹線班次使用，經臺北往返西部幹線與臺東的班次用47X次、48X次，但不定期列車仍使用52XX次。
- 2015年8月23日，屏東線屏東－潮州間電氣化通車改點，行駛範圍增加屏東－潮州間，部分班次改由潮州到開。
- 2019年12月20日，屏東線潮州－枋寮間電氣化通車改點，129次延長行駛至枋寮。
- 2020年12月23日，南迴線枋寮－知本間電氣化通車後，行駛範圍遍及環島路線與基隆－八堵間。
- 2021年4月21日，EMU300型因發生多起故障異常情況而暫時全數退出營運，其行駛班次由本型車替駛。
- 2022年6月29日，原由本型車行駛的301次、324次自強號改由EMU3000型行駛，本型車不再每天行駛於臺東線及南迴線。
- 2023年4月26日，原由本型車行駛的108、117、143、145、146次改由EMU3000型行駛，182、184、185次停駛。159、484、302、305、310、443次改由普悠瑪號行駛，本型車全數退出南迴線及臺東線營運。
- E1005、1009、1015、1024、1046、1053因缺料無法修復，目前放置於富岡基地內停用等待除籍。
- E1026因主變壓器缺料無法修復於2022年1月報廢除籍，經標售後於同年8月底解體。
- E1054因主變壓器缺料無法修復於2021年7月12日報廢除籍，經標售後於2022年1月底解體。
運用符號表示說明：此為台鐵車輛車次運用略表，部分車次屬於迴送性質，不會列入旅客時刻表。
- 「=」表示隔日，「-」表示當日同編組的下一個運用，例如「125-152=115A-115-138」，表示A列車編組第一日由125次開始，到第二日的138次為止是為一完整運用。
- 「115A」表示該車次為迴送車，不辦理載客服務，A為發車前迴送，B為到達後迴送。
- 「[ ]」為該運用串特定日期行駛車次，其中「/」是分隔不同日期開行的運用串。
- 僅供參考，實際運用狀況以臺鐵現場調度為主。
- 2列：109A-109=彰化備用一日=[130-130B(週一～六）/126A-126(週日)]
- 1列：115A-115-138 附親子車廂
- 1列：105A-105-128-128B
- 1列：141=114
- 2列：135-156=170-177-177B=102 附多用途車廂
- 2列：172-241=212-175 附親子車廂
- 2列：122-149=112-129-129B 附親子車廂
- 2列：142=113-134-134B=103 附多用途車廂
- 1列：176-176B-155=101A-101
- 3列：118-157=272-181=116-139
- 2列：109A-109=彰化備用一日=[130-130B(週一～六）/126A-126(週日)]
- 1列：115A-115-138 附親子車廂
- 2列：123-150=105A-105-128-128B
- 1列：141=114
- 2列：135-156=170-177-177B=102 附多用途車廂
- 2列：172-241=212-175 附親子車廂
- 2列：122-149=112-129-129B 附親子車廂
- 2列：142=113-134-134B=103 附多用途車廂
- 1列：176-176B-155=101A-101
- 3列：118-157=272-181=116-139
- 1列：115A-115-138 附親子車廂
- 2列：109=彰化備用一日=[130-130B(週一～六）/126A-126(週日)]
- 2列：123-150=105A-105-128-128B
- 1列：141=114
- 2列：135-156=170-177-177B=102 附多用途車廂
- 1列：125-152 附多用途車廂
- 2列：172-241=212-175 附親子車廂
- 2列：122-149=112-129-129B 附親子車廂
- 2列：142=113-134-134B=103 附多用途車廂
- 1列：176-176B-155=101A-101
- 3列：118-157=272-181=116-139
- 2列：121-144-144B=115A-115-138 附親子車廂
- 2列：109=彰化備用一日=[130-130B(週一～六）/126A-126(週日)]
- 2列：123-150=105A-105-128-128B
- 1列：141=114
- 2列：135-156=170-177-177B=102 附多用途車廂
- 1列：125-[152（週一～週四、週六、週日）/492-492B(週五跨週六)] 附多用途車廂
- 2列：172-241=212-175 附親子車廂
- 2列：122-149=112-129-129B 附親子車廂
- 2列：142=113-134-134B=103 附多用途車廂
- 1列：176-176B-155=101A-101
- 3列：118-157=272-181=116-139
- 過往的時刻表請參見推拉式自強號/歷年時刻表與運用。
- 過往的營運路線與車次請參見推拉式自強號/歷年時刻表與運用。