推拉式自强号
- 1996年中秋节，推拉式自强号正式投入自强号营运，并于11月1日起行驶定期列车，取代EMU100型电联车行驶1019次、1020次。
- 1997年2月27日，北上2次、20次、10次及南下15次、1次、7次莒光号停驶，改行驶北上1000次、1104次、1106次及南下1003次、1109次、1111次自强号。
- 1997年5月15日，北上14次、8次及南下13次、25次莒光号停驶，改行驶北上1114次、1108次及南下1113次、1125次自强号（1108次、1125次为EMU200型），此时每天行驶8往返。
- 1998年3月24日，西部干线自强号班次进行车次重新整编，每天行驶班次增为13往返，逢周五六日则再增加1往返为14往返。
- 1998年10月16日，12次、23次莒光号停驶，改行驶1004次、1029次自强号，1004次为田中首度停靠北高自强号班次。
- 2000年台湾实施隔周休2日，于周休2日之星期五及星期日增开班次。星期五增开1133次、1134次，星期日增开1125次、1126次。其中1126次高雄－台北间停靠台南、嘉义、彰化、台中、板桥，行车时间为4小时25分，1133次与1134次为首度停靠树林的北高自强号班次。
- 2000年5月3日，宜兰线八堵－罗东间电气化通车改点，有关本型车的部分如下：
- 本型车于宜兰线行驶2往返。1016次、1019次延长为罗东到开，增开树林－罗东间2036次、2041次，并停驶柴联车1081次（由2041次取代）、1084次（由1019次延长行驶取代）。1016次、2036次时间带则接近数年前停驶的1089次、1092次。
- 本型车的牵引种别原与电车组相同均为EMU速，在本次改点里，时刻表首次出现“PP速”，PP速最高时速为130公里行驶。
- 1009次、1020次、1021次、1040次4班次以PP速运行，再度将台北－高雄行车时间压缩在4小时以内，最快的1021次台北－高雄间停靠板桥、台中、台南，行车时间为3小时49分。
- 2000年12月1日，1005次、1026次由本型车改为EMU100型行驶，1007次、1028次改为本型车行驶，EMU100型自此不再每天行驶北高班次。同时因应台中机务分段裁撤，其业务移回彰化机务段，1000次、1047次由台中到开改为彰化到开。
- 2001年台湾实施周休2日，自1月5日增开西部干线周末班次。北上为1104次（周六日行驶）、1126次（周日行驶）、1134次（周五行驶），南下为1109次（周六日行驶）、1125次（周日行驶）、1133次（周五行驶）。
- 2001年春节期间，开行1152次、1153次午夜红眼自强号，并提供票价7折优惠，台北－高雄间停靠板桥、桃园、中坜、台中、彰化、嘉义、台南，1152次多停新竹。并于假期尾声再增开1154次与1155次，时刻分别比照1152次与1153次延后30分钟。
- 2001年4月25日，本次改点有关本型车的部分如下：
- 午夜红眼自强号1152次、1153次固定周六及周一行驶，停靠站相较于春节大幅增加，台北－高雄间停靠板桥、桃园、中坜、新竹、苗栗、丰原、台中、彰化、员林、斗六、嘉义、新营、台南。
- 2000年5月3日提升为PP速的班次（1009次、1020次、1021次、1040次）排点放松，1009次与1021次同时增停彰化。
- 新增1010次、1013次、1032次、1035次等班次提升为PP速，行车时间节省8～12分。
- 宜兰线树林－苏澳间柴联车班次停驶3往返（1083次、1086次、1087次、1090次、1091次、1094次），改以台铁EMU300型电联车或本型车行驶由罗东到开，罗东－苏澳间以45DR1000型冷气柴客接驳。
- 2001年6月15日，树林（台北）－罗东间EMU300型及本型车班次进行车次重新整编，依据时刻重编为203X～204X次。
- 2001年12月15日，午夜红眼自强号1152次、1153次增停树林、竹南、田中、斗南、善化、冈山等6站。
- 2002年3月11日，新增1000次提升为PP速。同年由唐荣铁工厂制造的增备客车加入营运，包括13辆40PPT2000型及32辆40PPD2500型，共45辆。
- 2002年7月30日，增开西部干线周末班次。北上为1154次（周六行驶）、1156次（周日行驶），南下为1149次（周五行驶）、1155次（周日行驶）。台北－高雄间停靠站均为板桥、新竹、台中、彰化、嘉义、台南。且因应于彰化放置备用编组需要，逢周一增开1151次至彰化担任备用编组，逢周五增开1150次返回松山。
- 2003年7月5日，北回线及宜兰线罗东－苏澳间电气化通车改点，首度行驶至花莲。
- 2003年8月22日，增开东部干线东部干线周末班次，台北－花莲间停靠站均为松山、宜兰、罗东。上行为1076次（周六行驶）、1078次（周日行驶），下行为1075次（周日行驶）、1077次（周五行驶）。而1149次、1154次、1155次与1156次改由EMU100型行驶。
- 2004年2月17日，午夜红眼自强号1152次、1153次停驶，改为不定期列车。
- 2004年5月21日，1005次、1026次由EMU100型改回本型车行驶，并改为每天行驶及重新指定停靠站，台北－高雄间停靠台中、彰化、台南，行车时间为3小时59分。
- 2005年2月16日，北回线苏澳新－南澳间双线化通车后首次改点，由本型车行驶的班次除少数班次外，均有缩短罗东－花莲间行车时间。
- 2005年8月3日，因本型车故障异常频仍，为加强维修作业进行下列改点：
- 7月最后一个周末停驶1104次、1109次、1125次、1126次、1133次、1134次等周末加班车。
- 停驶1020次、1026次、1029次、1043次共4班次，为降低减班造成的影响，每列车增加1节车厢为13辆编组，至2009年中恢复为12辆。
- 所有本型车行驶的班次牵引种别均为PP速，不再有部分班次为PP速，部分班次为EMU速的情形。
- 2006年3月15日，因2005年8月3日改点列车准点状况不佳，故于本次改点放松排点。同时由于EMU100型于春节期间发生故障，故本次改点停驶1154次、1155次，保留1149次、1156次改回本型车行驶。
- 2007年5月8日，太鲁阁号加入营运，有关本型车的改点主要如下：
- 太鲁阁号取代原由本型车行驶的1063次、1066次、1073次、1074次、2035次。
- 1072次停驶，1085次与1088次改为EMU100型行驶。
- 1017次改由本型车行驶并延长行驶至高雄，改善多年来1013次与1019次之间约2小时无北高自强号班次情形。
- 2005年8月3日停驶的1020次恢复行驶，因当时1020次与1026次停驶而经常客满的1022次获得纾解。但由于同时停驶彰化－七堵间1018次，故停靠站与当年停驶前多了丰原、苗栗、竹南共3站。
- 增开花莲－彰化间2040次和彰化－七堵间1042次，2040次板桥直达台中，1042次台中－台北间停靠丰原、新竹、桃园、板桥。之后2040次旋即在同年6月25日增停双溪、桃园、中坜、新竹、苗栗、丰原。
- 2008年12月26日，为提升东部干线服务品质，增开东部干线周末班次，分别为树林－花莲间2002次（周六行驶）、2003次（周五、六、日行驶）、2006次（周五、六、日行驶）、2008次（周日行驶）、2009次（周五行驶）及高雄－花莲间1154次（周日行驶），同时停驶1021次、1156次（EMU1200型电联车，同时1044次由本型车改为EMU1200型行驶）及1158次等西部干线班次。
- 2009年6月16日，推出平日优惠及周末半直达班次如下：
- 七堵－彰化间逢周一至五行驶1009次、1026次，七堵－板桥间各站往返丰原－彰化间各站单程299元优惠，沿途停靠汐止、松山、台北、板桥、新竹、丰原、台中（后增停新乌日），已于2010年12月22日取消。
- 开行1152次（周日行驶）、1154次（周五行驶）、1023次（周日行驶）、1149次（周五行驶），台北－高雄间停靠板桥、台中、彰化、嘉义、台南，于6月16～30日期间推出北高票价599元优惠。
- 2011年9月28日，台铁各级列车车次全面重新整编，自强号定期列车车次由四位数改为三位数，西部干线为1XX次、东部干线为2XX次、南回线（包括跨台东线的班次）为3XX次。西部干线跨东部干线为17X次、18X次（于西部干线里程比较长时）或27X次、28X次（于东部干线里程比较长时），南回线跨西部干线（只行驶至台南的班次除外）为37X次。不定期列车仍为四位数，千位数固定为5，后三位数依上述规定办理。
- 2014年7月16日，台东线及南回线台东－知本间电气化通车改点，行驶范围增加花莲－知本间，同时新增4XX车次作为台东（或知本）到开的东部干线班次使用，经台北往返西部干线与台东的班次用47X次、48X次，但不定期列车仍使用52XX次。
- 2015年8月23日，屏东线屏东－潮州间电气化通车改点，行驶范围增加屏东－潮州间，部分班次改由潮州到开。
- 2019年12月20日，屏东线潮州－枋寮间电气化通车改点，129次延长行驶至枋寮。
- 2020年12月23日，南回线枋寮－知本间电气化通车后，行驶范围遍及环岛路线与基隆－八堵间。
- 2021年4月21日，EMU300型因发生多起故障异常情况而暂时全数退出营运，其行驶班次由本型车替驶。
- 2022年6月29日，原由本型车行驶的301次、324次自强号改由EMU3000型行驶，本型车不再每天行驶于台东线及南回线。
- 2023年4月26日，原由本型车行驶的108、117、143、145、146次改由EMU3000型行驶，182、184、185次停驶。159、484、302、305、310、443次改由普悠玛号行驶，本型车全数退出南回线及台东线营运。
- E1005、1009、1015、1024、1046、1053因缺料无法修复，目前放置于富冈基地内停用等待除籍。
- E1026因主变压器缺料无法修复于2022年1月报废除籍，经标售后于同年8月底解体。
- E1054因主变压器缺料无法修复于2021年7月12日报废除籍，经标售后于2022年1月底解体。
运用符号表示说明：此为台铁车辆车次运用略表，部分车次属于回送性质，不会列入旅客时刻表。
- “=”表示隔日，“-”表示当日同编组的下一个运用，例如“125-152=115A-115-138”，表示A列车编组第一日由125次开始，到第二日的138次为止是为一完整运用。
- “115A”表示该车次为回送车，不办理载客服务，A为发车前回送，B为到达后回送。
- “[ ]”为该运用串特定日期行驶车次，其中“/”是分隔不同日期开行的运用串。
- 仅供参考，实际运用状况以台铁现场调度为主。
- 2列：109A-109=彰化备用一日=[130-130B(周一～六）/126A-126(周日)]
- 1列：115A-115-138 附亲子车厢
- 1列：105A-105-128-128B
- 1列：141=114
- 2列：135-156=170-177-177B=102 附多用途车厢
- 2列：172-241=212-175 附亲子车厢
- 2列：122-149=112-129-129B 附亲子车厢
- 2列：142=113-134-134B=103 附多用途车厢
- 1列：176-176B-155=101A-101
- 3列：118-157=272-181=116-139
- 2列：109A-109=彰化备用一日=[130-130B(周一～六）/126A-126(周日)]
- 1列：115A-115-138 附亲子车厢
- 2列：123-150=105A-105-128-128B
- 1列：141=114
- 2列：135-156=170-177-177B=102 附多用途车厢
- 2列：172-241=212-175 附亲子车厢
- 2列：122-149=112-129-129B 附亲子车厢
- 2列：142=113-134-134B=103 附多用途车厢
- 1列：176-176B-155=101A-101
- 3列：118-157=272-181=116-139
- 1列：115A-115-138 附亲子车厢
- 2列：109=彰化备用一日=[130-130B(周一～六）/126A-126(周日)]
- 2列：123-150=105A-105-128-128B
- 1列：141=114
- 2列：135-156=170-177-177B=102 附多用途车厢
- 1列：125-152 附多用途车厢
- 2列：172-241=212-175 附亲子车厢
- 2列：122-149=112-129-129B 附亲子车厢
- 2列：142=113-134-134B=103 附多用途车厢
- 1列：176-176B-155=101A-101
- 3列：118-157=272-181=116-139
- 2列：121-144-144B=115A-115-138 附亲子车厢
- 2列：109=彰化备用一日=[130-130B(周一～六）/126A-126(周日)]
- 2列：123-150=105A-105-128-128B
- 1列：141=114
- 2列：135-156=170-177-177B=102 附多用途车厢
- 1列：125-[152（周一～周四、周六、周日）/492-492B(周五跨周六)] 附多用途车厢
- 2列：172-241=212-175 附亲子车厢
- 2列：122-149=112-129-129B 附亲子车厢
- 2列：142=113-134-134B=103 附多用途车厢
- 1列：176-176B-155=101A-101
- 3列：118-157=272-181=116-139
- 过往的时刻表请参见推拉式自强号/历年时刻表与运用。
- 过往的营运路线与车次请参见推拉式自强号/历年时刻表与运用。