EMU600型的設計，原則上是延續EMU500型，但仍有一些外觀與內部設備的差異：
- 外觀部分
- EMU500車頭的車號識別標示位於車長室的擋風玻璃區域內上緣，EMU600資訊系統改裝後標誌位於擋風玻璃的正上方。
- EM、EMC車駕駛室車輛製造商銘板的位置在貫通門白色帶正中央的位置（EMU500型則較為偏上方)，不過目前因歷年維修的緣故，部分車組的銘板位置與EMU500型無差異，而端面之塗裝、列車排障器的設計，也有些不同。
- EMU600車側的藍白藍色帶為等寬度，EMU500的色帶寬度則是由上至下遞減。
- 車輛外側不鏽鋼強化條的凸起線，EMU500有3條，且較粗；EMU600則有4條，且較細。
- EM車駕駛室右側（機械室）車窗改成跟EMC車相同的可開啟小窗（EMU500型EM車駕駛室右側車窗為大面封閉車窗)，車窗玻璃顏色與EMU500型也有所不同（600型為淡青色，500型為深褐色）。不過目前經歷年維修緣故，車窗玻璃顏色已與EMU500型無差異。
- 本型車因設置回生電軔因此EM、EMC動力車車頂不設電軔用電軔電阻器。
- EP車的集電弓設計與ET車的車頂冷氣機位置，與EMU500型稍有差異。
- 因本型車ET車廁所變更為無障礙廁所，因此車端走道側車窗由EMU500型的小面霧化窗改成大面透明車窗。
- EMU500的馬達車底機電設備較複雜，而EMU600較單純。
- EMU500的上下臺門供應風缸位於牽引整流器後方，且有微微凸出；EMU600則位於電瓶箱後，且向內縮。
- 車內設備的差異
- 本型車的ET車端的廁所改成無障礙廁所，並設有無障礙設施（但EMU500之內裝改造車也將ET車端的廁所改造成多功能廁所，也包含無障礙功能）。
- 車內座椅原本採用與EMU500型相當的皮質座椅，後於2011年為了配合六家支線與沙崙支線通車，變更為絨布材質沙發椅加上在邊緣處有凸起，乘坐起來比原本更有舒適感。
- 上下台門兩旁的座位隔板形狀與EMU500型不同。
- 通常EMU600車門上方增設2個LCD顯示器（資訊系統改造後），不過2022年後所有編組已被改造為與EMU500型相同的LED顯示器（簡稱SI，顯示方式與EMU800類似）。
- 嘉義機務段：配屬1組（EMU610），其行駛路線如下：
EMU600型 編組表
| 編組
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←未朝統一律定方向
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| 45EMC600
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50EP600
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45ET600
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45EM600
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| 1
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601 |
601 |
601 |
601
|
| ：
|
： |
： |
： |
：
|
| 14
|
614 |
614 |
614 |
614
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| 年份
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2023
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| 停用編組
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EMU601～609、611～614
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- 各編組閒置地點分布：
- 富岡基地(共5組20輛)：EMU601～605
- 新竹貨場(共5組20輛)：EMU606、607、609、612、613
- 隆田站(共3組12輛)：EMU608、611、614
改造歷史
已全數改造完畢。
| 車號
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進廠日期
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出廠日期
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備註
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| EMU601
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2019年2月28日
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2019年3月22日
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已完成改造
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| EMU602
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2020年1月30日
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2020年2月20日
|
已完成改造
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| EMU603
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2019年6月28日
|
2019年8月16日
|
已完成改造
|
| EMU604
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2017年5月25日
|
2017年6月25日
|
已完成改造
|
| EMU605
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2017年6月23日
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2017年7月30日
|
已完成改造
|
| EMU606
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2018年3月16日
|
2018年9月21日
|
已完成改造
|
| EMU607
|
2019年6月25日
|
2019年6月30日
|
已完成改造
|
| EMU608
|
2019年12月6日
|
2020年1月25日
|
已完成改造
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| EMU609
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2017年5月18日
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2017年11月2日
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先行改造
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| EMU610
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2018年7月29日
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2018年8月30日
|
已完成改造
|
| EMU611
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2018年6月20日
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2018年7月10日
|
已完成改造
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| EMU612
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2018年3月28日
|
2018年6月20日
|
已完成改造
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| EMU613
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2018年1月17日
|
2018年3月10日
|
已完成改造
|
| EMU614
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2019年5月20日
|
2019年6月26日
|
已完成改造
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| 備註：
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改造歷史
| 車號
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進廠日期
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出廠日期
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備註
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| EMU601
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|
2021年11月12日
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|
| EMU602
|
2022年1月4日
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2022年1月22日
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|
| EMU603
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2021年10月20日
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|
| EMU604
|
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2021年8月9日
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|
| EMU605
|
|
2021年9月6日
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|
| EMU606
|
|
2021年11月24日
|
|
| EMU607
|
|
2021年12月9日
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|
| EMU608
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|
2021年10月29日
|
|
| EMU609
|
|
2022年1月4日
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|
| EMU610
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2021年11月11日
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2021年12月9日
|
|
| EMU611
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2021年12月3日
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2022年1月6日
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|
| EMU612
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2021年10月20日
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2021年11月11日
|
|
| EMU613
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2020年8月24日
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2021年5月5日
|
先行改造
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| EMU614
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2021年8月18日
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2021年10月6日
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| 備註：部分資訊不完全還請協助補齊。
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