EMU600型的设计，原则上是延续EMU500型，但仍有一些外观与内部设备的差异：
- 外观部分
- EMU500车头的车号识别标示位于车长室的挡风玻璃区域内上缘，EMU600资讯系统改装后标志位于挡风玻璃的正上方。
- EM、EMC车驾驶室车辆制造商铭板的位置在贯通门白色带正中央的位置（EMU500型则较为偏上方)，不过目前因历年维修的缘故，部分车组的铭板位置与EMU500型无差异，而端面之涂装、列车排障器的设计，也有些不同。
- EMU600车侧的蓝白蓝色带为等宽度，EMU500的色带宽度则是由上至下递减。
- 车辆外侧不锈钢强化条的凸起线，EMU500有3条，且较粗；EMU600则有4条，且较细。
- EM车驾驶室右侧（机械室）车窗改成跟EMC车相同的可开启小窗（EMU500型EM车驾驶室右侧车窗为大面封闭车窗)，车窗玻璃颜色与EMU500型也有所不同（600型为淡青色，500型为深褐色）。不过目前经历年维修缘故，车窗玻璃颜色已与EMU500型无差异。
- 本型车因设置回生电轫因此EM、EMC动力车车顶不设电轫用电轫电阻器。
- EP车的集电弓设计与ET车的车顶冷气机位置，与EMU500型稍有差异。
- 因本型车ET车厕所变更为无障碍厕所，因此车端走道侧车窗由EMU500型的小面雾化窗改成大面透明车窗。
- EMU500的马达车底机电设备较复杂，而EMU600较单纯。
- EMU500的上下台门供应风缸位于牵引整流器后方，且有微微凸出；EMU600则位于电瓶箱后，且向内缩。
- 车内设备的差异
- 本型车的ET车端的厕所改成无障碍厕所，并设有无障碍设施（但EMU500之内装改造车也将ET车端的厕所改造成多功能厕所，也包含无障碍功能）。
- 车内座椅原本采用与EMU500型相当的皮质座椅，后于2011年为了配合六家支线与沙仑支线通车，变更为绒布材质沙发椅加上在边缘处有凸起，乘坐起来比原本更有舒适感。
- 上下台门两旁的座位隔板形状与EMU500型不同。
- 通常EMU600车门上方增设2个LCD显示器（资讯系统改造后），不过2022年后所有编组已被改造为与EMU500型相同的LED显示器（简称SI，显示方式与EMU800类似）。
- 嘉义机务段：配属1组（EMU610），其行驶路线如下：
EMU600型 编组表
| 编组
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←未朝统一律定方向
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| 45EMC600
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50EP600
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45ET600
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45EM600
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| 1
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601 |
601 |
601 |
601
|
| ：
|
： |
： |
： |
：
|
| 14
|
614 |
614 |
614 |
614
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| 年份
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2023
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| 停用编组
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EMU601～609、611～614
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- 各编组闲置地点分布：
- 富冈基地(共5组20辆)：EMU601～605
- 新竹货场(共5组20辆)：EMU606、607、609、612、613
- 隆田站(共3组12辆)：EMU608、611、614
改造历史
已全数改造完毕。
| 车号
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进厂日期
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出厂日期
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备注
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| EMU601
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2019年2月28日
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2019年3月22日
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已完成改造
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| EMU602
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2020年1月30日
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2020年2月20日
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已完成改造
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| EMU603
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2019年6月28日
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2019年8月16日
|
已完成改造
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| EMU604
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2017年5月25日
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2017年6月25日
|
已完成改造
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| EMU605
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2017年6月23日
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2017年7月30日
|
已完成改造
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| EMU606
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2018年3月16日
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2018年9月21日
|
已完成改造
|
| EMU607
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2019年6月25日
|
2019年6月30日
|
已完成改造
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| EMU608
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2019年12月6日
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2020年1月25日
|
已完成改造
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| EMU609
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2017年5月18日
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2017年11月2日
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先行改造
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| EMU610
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2018年7月29日
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2018年8月30日
|
已完成改造
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| EMU611
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2018年6月20日
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2018年7月10日
|
已完成改造
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| EMU612
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2018年3月28日
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2018年6月20日
|
已完成改造
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| EMU613
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2018年1月17日
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2018年3月10日
|
已完成改造
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| EMU614
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2019年5月20日
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2019年6月26日
|
已完成改造
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| 备注：
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改造历史
| 车号
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进厂日期
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出厂日期
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备注
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| EMU601
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2021年11月12日
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| EMU602
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2022年1月4日
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2022年1月22日
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|
| EMU603
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|
2021年10月20日
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|
| EMU604
|
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2021年8月9日
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|
| EMU605
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|
2021年9月6日
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|
| EMU606
|
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2021年11月24日
|
|
| EMU607
|
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2021年12月9日
|
|
| EMU608
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|
2021年10月29日
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|
| EMU609
|
|
2022年1月4日
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|
| EMU610
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2021年11月11日
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2021年12月9日
|
|
| EMU611
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2021年12月3日
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2022年1月6日
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|
| EMU612
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2021年10月20日
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2021年11月11日
|
|
| EMU613
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2020年8月24日
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2021年5月5日
|
先行改造
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| EMU614
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2021年8月18日
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2021年10月6日
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| 备注：部分资讯不完全还请协助补齐。
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